Το λιμάνι των Πηγαδίων είναι το κεντρικό λιμάνι της Καρπάθου.

Υπάρχουν δύο λιμάνια στην Κάρπαθο, το Διαφάνι στο βόρειο μέρος του νησιού και τα Πηγάδια, στο νότιο μέρος.

Τα δρομολόγια από Πειραιά είναι 2-3 φορές την εβδομάδα. Η διαδρομή, με στάσεις και σε άλλα νησιά, διαρκεί περίπου 20 ώρες.

Το νησί συνδέεται με τακτικά δρομολόγια με τη Ρόδο, την Ανάφη, την Χάλκη, την Κάσο, την Μήλο, την Σαντορίνη και με τα λιμάνια του Ηρακλείου και της Σητείας στην Κρήτη.