Το λιμάνι της Μυκόνου συνδέεται καθημερινά με τον Πειραιά και τη Ραφήνα. Τα δρομολόγια εκτελούνται με σύγχρονα και άνετα επιβατηγά-οχηματαγωγά πλοία. Παράλληλα συνδέεται και με τις υπόλοιπες Κυκλάδες.

Η Μύκονος διαθέτει 2 λιμάνια, το Παλιό Λιμάνι και το Νέο Λιμάνι. Και τα δύο βρίσκονται κοντά στη Χώρα, σε απόσταση 1,5 χλμ. το ένα από το άλλο. Τα περισσότερα δρομολόγια από Πειραιά, Ραφήνα και Κυκλάδες εξυπηρετούνται από το Νέο Λιμάνι στον Τούρλο, 3 χλμ. έξω από τη Χώρα. Στο Παλιό Λιμάνι, που είναι πιο κοντά στη Χώρα, δένουν συνήθως μικρότερα σκάφη.

Ωστόσο, ανάλογα με τις καιρικές συνθήκες και τη θαλάσσια κυκλοφορία, το λιμάνι άφιξης/αναχώρησης ενός πλοίου ενδέχεται να αλλάξει τελευταία στιγμή.

Τους καλοκαιρινούς μήνες, το λιμάνι της Μυκόνου συνδέεται με συχνά δρομολόγια με πολλά κοντινά νησιά.