Το λιμάνι του Ηρακλείου χωρίζεται στο παλιό, ενετικό λιμάνι και στο νέο λιμάνι για επιβάτες και εμπορεύματα.

Το ενετικό λιμάνι του Ηρακλείου βρίσκεται στο τέλος της οδού 25ης Αυγούστου, του πεζόδρομου που ξεκινά από το κέντρο (Μεϊντάνι, Λιοντάρια) και καταλήγει στο φρούριο Κούλες. Πρόκειται για το παλιό λιμάνι του Ηρακλείου, που σήμερα φιλοξενεί καΐκια και κότερα, και η ιστορία του είναι τόσο παλιά όσο και της πόλης του Ηρακλείου.

Στο νέο σύγχρονο λιμάνι επιβατών και εμπορευμάτων υπάρχει ο επιβατικός σταθμός και οι προβλήτες για τα φέρρυ προς και από Πειραιά.

Τα δρομολόγια εκτελούνται καθημερινά, όπου τα πλοία αναχωρούν τη νύχτα και φτάνουν νωρίς το πρωί, ενώ το καλοκαίρι εκτελούνται και ημερήσια δρομολόγια.

Τα τελευταία χρόνια γίνεται ιδιαίτερη προσπάθεια ώστε το λιμάνι Ηρακλείου να προσφέρει σύγχρονες υπηρεσίες στους ταξιδιώτες. Σημαντική βελτίωση αποτελεί ο νέος επιβατικός σταθμός που κάνει την παραμονή των επιβατών ευχάριστη στις καινούριες εγκαταστάσεις με εμβαδόν 2.500 τ.μ.

Στον επιβατικό σταθμό του λιμανιού έχετε επίσης τη δυνατότητα να κάνετε το Check-in ή Check-out για την πτήση σας από το αεροδρόμιο Ηρακλείου.

Επίσης στον επιβατικό σταθμό μπορείτε να φυλάξετε τις αποσκευές σας προσωρινά ή να συνδεθείτε στο Ιντερνετ ασύρματα με το φορητό σας υπολογιστή.

Το νέο λιμάνι Ηρακλείου δέχεται 2 εκατομμύρια επιβάτες το χρόνο, τόσο από τα καθημερινά δρομολόγια από Πειραιά, τη Σαντορίνη και άλλα νησιά, αλλά και από κρουαζιερόπλοια που σταματούν στο Ηράκλειο για μια επίσκεψη στην Κνωσό και την πόλη του Ηρακλείου.