Το λιμάνι στο Βαθύ της Σάμου βρίσκεται στο τμήμα του μεγάλου βορειοανατολικού φυσικού κόλπου της Σάμου και θεωρείται ως ένα από τα ασφαλέστερα φυσικά λιμάνια της ακριτικής νησιωτικής Ελλάδας.

Η πόλη της Σάμου συνδέεται ακτοπλοϊκώς με τον Πειραιά. Το πλοίο της γραμμής συνήθως πιάνει και στο δεύτερο λιμάνι του νησιού, το Καρλόβασι που βρίσκεται στην δυτική πλευρά της Σάμου.

Επίσης υπάρχει αραιή ακτοπλοϊκή σύνδεση και με τα υπόλοιπα νησιά του ανατολικού Αιγαίου και με τουριστικά πλοιάρια με το λιμάνι Κουσάντασι της Τουρκίας, το οποίο βρίσκεται σε μικρή απόσταση ανατολικά.

Εξυπηρετείται επίσης από το αεροδρόμιο του νησιού που βρίσκεται 17 χιλιόμετρα νότια της πόλης.