Κύριο λιμάνι του νησιού της Ανάφης, είναι ο Άγιος Νικόλαος.

Η Ανάφη συνδέεται με τον Πειραιά, με συμβατικά πλοία, 3 φορές την εβδομάδα. Τα πλοία προσεγγίζουν επίσης τα νησιά Πάρος, Νάξος, Ίος, Σίκινος, Φολέγανδρος, Θήρα, (Σαντορίνη), Κύθνος, Σέριφος, Σίφνος και Μήλος, ανάλογα με το δρομολόγιο.

Επίσης η Ανάφη συνδέεται με τη Σαντορίνη, σχεδόν καθημερινά με τοπικά δρομολόγια. Το ταξίδι διαρκεί 2 ώρες περίπου. Με τοπικά δρομολόγια, συνδέεται άλλες 2-4 φορές κάθε εβδομάδα με τα νησιά Ίος, Σίκινος, Φολέγανδρος, Νάξος, Πάρος, Μύκονος, Σύρος, Κύθνος και Κέα. Η Σαντορίνη έχει πυκνή αεροπορική σύνδεση με την Αθήνα, αλλά και αρκετές πόλεις της Ευρώπης.