Η πρόσβαση στο νησί ακτοπλοϊκώς από Αθήνα γίνεται με το πλοίο της γραμμής Λαύριο-Άγιος Ευστράτιος-Λήμνος και το ταξίδι διαρκεί περίπου 7:30 ώρες. Η συχνότητα των δρομολογίων είναι τρία δρομολόγια την χειμερινή περίοδο και τέσσερα δρομολόγια το καλοκαίρι.

Από Λήμνο μπορείτε να ταξιδέψετε με πλοίο που πραγματοποιεί καθημερινά τη γραμμή Άγιος Ευστράτιος-Λήμνος ή με το πλοίο που εκτελεί το δρομολόγιο Λήμνος-Άγιος Ευστράτιος-Λαύριο.

Από Βόρεια Ελλάδα, το πλοίο αναχωρεί από το λιμάνι της Καβάλας με ενδιάμεσο σταθμό το λιμάνι της Μύρινας στη Λήμνο.

Ο Άγιος Ευστράτιος δε διαθέτει αεροδρόμιο. Όμως έχετε τη δυνατότητα να κάνετε το ταξίδι με αεροπλάνο και να φτάσετε με τελικό μέσο πρόσβασης το καράβι. Μπορείτε να προγραμματίσετε κάποιο αεροπορικό ταξίδι με προορισμό το αεροδρόμιο Ήφαιστος της Λήμνου και να ταξιδέψετε με πλοίο για τον Άγιο Ευστράτιο. Τα αεροπορικά δρομολόγια για Λήμνο είναι συχνά, και επίσης συχνή η ακτοπλοϊκή σύνδεση με τη Λήμνο.