Το κύριο λιμάνι της Ιθάκης είναι ο Πισαετός που απέχει 7,5λμ. από το Βαθύ, την πρωτεύουσα του νησιού.

Η ακτοπλοϊκή σύνδεση της Ιθάκης με την ηπειρωτική Ελλάδα εξυπηρετείται από το λιμάνι της Πάτρας είτε απευθείας είτε και με ενδιάμεση στάση στην Κεφαλονιά.

Το δρομολόγιο Πάτρα - Ιθάκη εκτελείται καθημερινά και το ταξίδι διαρκεί γύρω στις 3,5 ώρες.

Η ακτοπλοϊκή σύνδεση Κεφαλονιά - Ιθάκη εξυπηρετείται περίπου 3 φορές την ημέρα από το λιμάνι της Σάμης προς τον Πισαετό. Το ταξίδι με πλοίο από Κεφαλονιά για Ιθάκη διαρκεί 20-30 λεπτά.