Το λιμάνι των Παξών βρίσκεται στην περιοχή Γάιος στο νότιο μέρος του νησιού και συνδέεται ακτοπλοϊκά με την Ηγουμενίτσα, την Κέρκυρα και τους Αντίπαξους.

Το λιμάνι προστατεύεται από δυο νησιά, το νησί της Παναγιάς και το νησί του Αγίου Νικολάου, δημιουργώντας έναν πλωτό διάδρομο ανάμεσά τους.

Επίσης υπάρχει μαρίνα στην οποία βρίσκουν καταφύγιο μικρά αλιευτικά αλλά και τουριστικά σκάφη, τα οποία κατά την τουριστική περίοδο πηγαίνουν τακτικά στους Αντίπαξους, αλλά και σε διαδρομές γύρω του νησιού.