Το λιμάνι των Κυθήρων βρίσκεται στην περιοχή Διακόφτι. Είναι ένα από τα πιο ασφαλή λιμάνια της χώρας, αφού προστατεύεται από όλους τους ανέμους.

Το νησί των Κυθήρων συνδέεται με το λιμάνι του Πειραιά με 2-3 εβδομαδιαία δρομολόγια. Το ταξίδι με το πλοίο διαρκεί περίπου 6,5 ώρες.

Επίσης, πλοία για Κύθηρα αναχωρούν και από τα λιμάνια της Νεάπολης και του Γυθείου στην Πελοπόννησο. Η διαδρομή Νεάπολη – Κύθηρα κρατάει γύρω στη 1 ώρα 30 λεπτά, ενώ από Γύθειο για Κύθηρα το πλοίο κάνει κοντά στις 2,5 ώρες.

Τα πλοία της γραμμής που αναχωρούν από την ηπειρωτική Ελλάδα για τα Κύθηρα, συνεχίζουν το ταξίδι και φτάνουν στα Αντικύθηρα και στο λιμάνι του Κισσάμου στην Κρήτη.