Το λιμάνι της Σκάλας Πάτμου λειτουργεί ως λιμάνι προσέγγισης, διαθέτοντας μια προβλήτα για την εξυπηρέτηση κρουαζιερόπλοιων.

Επίσης διαθέτει μια σύγχρονη Μαρίνα, ενώ συγκεντρώνει τα περισσότερα καφέ, εστιατορία, ταβέρνες και μπαρ του νησιού.

Συνδέεται με την ηπειρωτική Ελλάδα με τακτικά δρομολόγια πλοίων από το λιμάνι του Πειραιά. Η ακτοπλοϊκή σύνδεση Πειραιάς - Πάτμος εξυπηρετείται αρκετές φορές την εβδομάδα από συμβατικά πλοία που διαθέτουν καμπίνες και γκαράζ. Η διάρκεια της διαδρομής κυμαίνεται από 7 έως 12 ώρες ανάλογα με τις στάσεις του δρομολογίου.

Επίσης το λιμάνι της Σκάλας έχει απευθείας ακτοπλοϊκές συνδέσεις με τα εξής νησιά:
Λέρος, Ικαρία, Λειψοί, Αρκιοί, Αγαθονήσι, Φούρνοι, Σάμος, Κάλυμνος, Κάρπαθος, Κάσος, Κως, Ρόδος, Σύμη, Ψέριμος, Φαρμακονήσι, Σύρος.