Το λιμάνι του Ρεθύμνου απλώνεται γύρω από την παλιά πόλη και διακρίνεται από έναν φάρο του 17ου αιώνα.

Η προκυμαία είναι γεμάτη με πολλές παραδοσιακές ψαρόβαρκες που φέρνουν την καθημερινή ψαριά που σερβίρεται στις τοπικές ταβέρνες. Τα πολλά ξύλινα ιστιοφόρα προσθέτουν στη ρομαντική ατμόσφαιρα των εποχών.

Κατά τη διάρκεια του καλοκαιριού, η ακτοπλοϊκή σύνδεση από το λιμάνι του Ρεθύμνου για την Αθήνα εξυπηρετείται απευθείας από το λιμάνι του Πειραιά και της Ραφήνας.

Επίσης το Ρέθυμνο συνδέεται με συχνά δρομολόγια πλοίων με κάποια νησιά των Κυκλάδων, όπως η Μύκονος και η Σαντορίνη.

Κατά τη χειμερινή περίοδο, μπορείτε να ταξιδέψετε στα Χανιά ή στο Ηράκλειο και να φτάσετε στο Ρέθυμνο με αυτοκίνητο ή μέσα μαζικής μεταφοράς.

Το λιμάνι του Ρεθύμνου είναι λιμάνι μεικτής χρήσης και χωρίζεται στα εξής τμήματα:

Στο ανατολικό τμήμα (με επιβατική και τουριστική χρήση) γίνεται η πρόσδεση των κρουαζιεροπλοίων και των επιβατικών οχηματαγωγών πλοίων. Το τμήμα αυτό του λιμανιού έχει μεγαλύτερους χερσαίους χώρους, συνολικής έκτασης 33.500τ.μ., που μπορούν να εξυπηρετήσουν κάθε επιβατική, τουριστική κίνηση και διακίνηση φορτηγών και Ι.Χ. οχημάτων.

Στο δυτικό τμήμα, με εμπορική, επιβατική χρήση και εξυπηρέτηση κρουαζιερόπλοιων.
Σε αυτό το τμήμα εκτελούνται όλες οι φορτοεκφορτώσεις κάθε είδους εμπορεύματος, ενώ περιστασιακά προσδένουν και τουριστικά σκάφη. Στο τμήμα αυτό περιλαμβάνονται πέντε κρηπιδώματα φορτοεκφόρτωσης με δυνατότητα εξυπηρέτησης μέχρι επτά πλοίων, ανάλογα με το μέγεθός τους. Οι συγκεκριμένες αποβάθρες εξυπηρετούν κυρίως την εμπορική κίνηση του λιμανιού ωστόσο όταν υπάρχει ανάγκη για την εξυπηρέτηση τουριστικού σκάφους, άνω των 150μ., η πρόσδεση γίνεται στη θέση D, λόγω του μεγάλου μήκους και βάθους του κρηπιδώματος. Επίσης, το δυτικό τμήμα του λιμένος Ρεθύμνου διαθέτει γεφυροπλάστιγγα 80τ.