Το λιμάνι της Νάξου συνδέεται με την Αθήνα με τακτικά δρομολόγια από το λιμάνι του Πειραιά και της Ραφήνας καθ’ όλη τη διάρκεια του χρόνου. Το καλοκαίρι υπάρχουν περίπου 4 καθημερινές αναχωρήσεις πλοίων από τον Πειραιά και 4 από τη Ραφήνα. Κατά τους χειμερινούς μήνες η συχνότητα μειώνεται, με τουλάχιστον 1 δρομολόγιο τη μέρα από τον Πειραιά. Η διάρκεια του ταξιδιού Πειραιάς – Νάξος κυμαίνεται από περίπου 3 έως 6 ώρες, ενώ το δρομολόγιο Ραφήνα – Νάξος διαρκεί από περίπου 3 έως 7 ώρες, ανάλογα με το πλοίο.

Επίσης το λιμάνι της Νάξου συνδέεται με τις Κυκλάδες, την Κρήτη, τα Δωδεκάνησα και τα νησιά του Βορείου Αιγαίου.