Η Σαμοθράκη συνδέεται με την ηπειρωτική Ελλάδα με τακτικά δρομολόγια από το λιμάνι της Αλεξανδρούπολης. Η ακτοπλοϊκή σύνδεση εξυπηρετείται 1 φορά ημερησίως και το ταξίδι Αλεξανδρούπολη - Σαμοθράκη διαρκεί λιγότερο από 2 ώρες.

Το καλοκαίρι λειτουργεί, συνήθως, ακτοπλοϊκή σύνδεση Αθήνα - Σαμοθράκη με δρομολόγια από το λιμάνι του Λαυρίου. Το ταξίδι Λαύριο - Σαμοθράκη κρατάει γύρω στις 15 ώρες, αν και το δρομολόγιο και η διάρκειά του ενδέχεται να αλλάξουν από χρονιά σε χρονιά.

Η Σαμοθράκη ανήκει στα νησιά του Βόρειου Αιγαίου. Κατά τους καλοκαιρινούς μήνες έχει τακτικές ακτοπλοϊκές συνδέσεις με τα νησιά της περιοχής, αλλά και με λιμάνια της Βόρειας Ελλάδας.